Le réseau de cavernes a été exploré pour la première fois en 1823, bien que des preuves archéologiques attestent d'une utilisation humaine remontant à l'époque néolithique. Des stalactites descendent de fissures où l'eau riche en minéraux goutte depuis des millénaires, formant des colonnes de calcite qui encadrent aujourd'hui la salle centrale. La grotte doit son nom moderne au village de Melidoni, lui-même dérivé du mot grec pour miel — un clin d'œil au thym sauvage qui recouvre les collines environnantes chaque printemps.
Les itinéraires de quad safari à Réthymnon serpentent à travers ce paysage karstique, reliant les oliveraies côtières aux villages des hautes terres où se trouve l'entrée de la grotte. Les sentiers hors-piste suivent d'anciens chemins de bergers, traversant des lits de rivières asséchés en été et se faufilant entre les chênes verts et les pins d'Alep. Le terrain s'élève régulièrement du niveau de la mer jusqu'à 220 mètres, où le plateau offre une vue sur le massif du Psiloritis au sud. Les opérateurs de safari en quad à Réthymnon associent généralement la visite de la grotte à une boucle à travers la vallée de Geropotamos, passant devant des chapelles byzantines et des vignobles en terrasses qui fournissent les vins Kotsifali de la région.
L'attraction principale de la grotte reste son architecture géologique. Des rideaux de coulées stalagmitiques pendent du mur ouest, translucides là où la lumière pénètre les fines couches de calcite. Un ossuaire commémoratif occupe l'arrière de la chambre, honorant les 370 villageois qui périrent ici en 1824 lorsque les forces ottomanes allumèrent des feux à l'entrée pour étouffer ceux qui s'y abritaient. La tragédie a transformé Melidoni en un lieu de pèlerinage, et l'État grec l'a déclaré monument protégé en 1935. Aujourd'hui, la grotte fonctionne sous la supervision de l'Éphorie de spéléologie, qui entretient l'escalier de descente et l'éclairage intérieur installés en 2006.
Les itinéraires des tours en quad à Réthymnon permettent aux pilotes d'approcher le site via le réseau de routes non pavées reliant le village de Melidoni à la route côtière. L'ascension de 4 kilomètres depuis la route principale traverse une garrigue où la sauge et l'origan sauvages prospèrent sur des sols minces. Les guides de quad safari à Réthymnon font souvent une pause sur la place du village, où un platane ombrage une fontaine datant de la domination vénitienne. De là, une dernière piste de 800 mètres mène au parking en gravier de la grotte, où commence la descente vers les entrailles de la terre.
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