O sistema de cavernas foi pesquisado pela primeira vez em 1823, embora evidências arqueológicas coloquem o uso humano desde os tempos neolíticos. Estalactites descem de fissuras onde a água rica em minerais gotejou durante milénios, construindo colunas de calcite que agora emolduram o salão central. A caverna ganhou o seu nome moderno da vila de Melidoni, que deriva da palavra grega para mel — uma referência ao tomilho selvagem que cobre as colinas circundantes a cada primavera.
As rotas de quad safari em Rethymno serpenteiam através desta paisagem cárstica, ligando olivais costeiros às vilas das terras altas onde se encontra a entrada da caverna. Trilhos todo-o-terreno sobem caminhos de terra que seguem antigos trilhos de pastores, cruzando leitos de rios secos no verão e passando entre azinheiras e pinheiros-de-alepo. O terreno eleva-se constantemente do nível do mar até aos 220 metros, onde o planalto se abre para vistas do maciço de Psiloritis a sul. Os operadores de safari de ATV em Rethymno geralmente combinam a visita à caverna com um circuito pelo vale de Geropotamos, passando por capelas bizantinas e vinhas em socalcos que fornecem os vinhos Kotsifali da região.
A principal atração da caverna continua a ser a sua arquitetura geológica. Cortinas de pedra calcária pendem da parede oeste, translúcidas onde a luz penetra em finas camadas de calcite. Um ossuário memorial ocupa a parte de trás da câmara, comemorando 370 aldeões que pereceram aqui em 1824 quando as forças otomanas acenderam fogueiras na entrada para sufocar aqueles que se abrigavam no interior. A tragédia transformou Melidoni num local de peregrinação, e o estado grego declarou-o monumento protegido em 1935. Hoje, a caverna opera sob a supervisão da Eforia de Espeleologia, que mantém a escadaria de descida e a iluminação interior instaladas em 2006.
Os itinerários de quad tours em Rethymno permitem que os condutores se aproximem do local através da rede não pavimentada que liga a vila de Melidoni à autoestrada costeira. A subida de 4 quilómetros a partir da estrada principal passa por matagal onde a salva selvagem e o orégão prosperam em solos finos. Os guias de safari de quadriciclo em Rethymno fazem frequentemente uma pausa na praça da vila, onde um plátano sombreia uma fonte que data do domínio veneziano. A partir daí, um trilho final de 800 metros leva ao parque de estacionamento de gravilha da caverna, onde começa a descida para a terra.
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